菊糖酶的来源很广，在自然界中的水、土壤、植物、动物消化道中的多种微生物中均有分泌这种菊糖酶，微生物中分泌的菊糖酶种类较多，且热稳定性好，适合用于发酵生产。

据小编的了解，有丝状真菌中有17个属物余种能够产出菊糖酶，酵母菌中有10个属20多种也能产菊糖酶，此外，还有细菌中的12个属10余种也可达到产菊糖酶的作用。

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